Geográficamente, la provincia Provincia de Jujuy se divide en tres grandes regiones:

• La Puna o altiplano
• La Quebrada de Humahuaca
• Los Valles orientales

De oeste tiende a bajar desde altitudes que van desde los 6000 msnm a los 500 msnm, las mayores altitudes se ubican en la Cordillera de los Andes especialmente en el sector noroeste de la provincia en donde se destaca el cerro Vilama (5578 snm), el cerro Zapaleri (5653) y sobre todo la ramificación lateral andina de las Serranías de Zapaleri que tiene su cima a los 5959 msnm en el Nevado de San Pedro, estas cumbres señalan el límite entre la Puna de Jujuy y la Puna de Lípez, la Puna de Jujuy al sur de los citados accidentes orográficos y al sur del Cerro Branqui señalan asimismo la estructura del tipo graben, algunos de los valles son amplios y han dado lugar a cubetas o cuencas endorreicas en cuyo fondo se ubican salares como el de Cauchari-Olaroz, las muy alcalinas y salobres lagunas de Vilama, la de Guayatayoc, la de Pozuelos, la laguna de Rontuyoc y las Salinas Grandes del NOA.

Al este de la Sierra del Aguilar y la Serranía de Chañí (el Nevado de Chañí alcanza los 6200 msnm) horsts más occidentales que señalan el límite del Altiplano el terreno cae en el prolongado y elevado graben de la Quebrada de Humahuaca abriéndose hacia el sur en la zona de quebrada y valle donde se encuentran las ciudades de San salvador de Jujuy, Palpalá, Perico y San Pedro de Jujuy, en este graben los valles son fértiles y por su vaguada o fondo discurre el Río Grande que baja desde la Quebrada de Humahuaca y el Río Chico de Jujuy o Xibi Xibi que baja desde la Serranía precordillerana del Chañi, ambos citados ríos confluyen en la ciudad de San Salvador de Jujuy y toman un único gran cauce con rumbo hacia el noreste llamado río San Francisco (afluente del río Bermejo y, con este los anteriores, integrante de la Cuenca del Plata). El graben por donde baja el Río San Francisco está delimitado de oeste a este por tres serranías menores: la Sierra de Santa bárbara, la Sierra del Centinela y la Sierra del Maíz Gordo, de las dos últimas surgen cursos fluviales que afluyen al río Dorado directamente en el Chaco Austral.

Esto es: de oeste a este se escalonan sucesivamente la cordillera de los Andes, el Altiplano, las Quebradas y Valles, la zona más oriental de las cordilleras es de nimbosilva formando parte del extenso corredor biomático de las Yungas, el valle del río San Francisco es un importante ecotono entre las Yungas y la región del Chaco, ese ecotono del valle del río San Francisco es conocido El Ramal por sus prístinas y densas forestas.

Si en los Andes el clima es el frío de altura, y en el valle de Jujuy el clima es mesotérmico con días fríos y nevadas en invierno, en las zonas bajas de El Ramal predomina durante todo el año un clima cálido tropical bastante húmedo.

En cuanto al clima la provincia se encuentra divida en cuatro partes:

• Región templada
• Región subtropical o cálida
• Quebrada de Humahuaca
• Sierras subandinas

Región Templada

Tiene un régimen pluvial subtropical; es decir: verano lluvioso e invierno seco. Abarca los departamentos de San Salvador de Jujuy, San Antonio y El Carmen. La región templada está ubicada en la zona de transición entre los climas áridos de Quebrada y Puna, y subtropicales de Valles Cálidos, se caracteriza por ser un valle húmedo de clima templado en invierno pero suficientemente cálido en verano, con precipitaciones anuales de entre 500 y 1200 mm. Las temperaturas medias son relativamente bajas debido a su altura promedio de 1100 m s. n. m. Este valle de gran amplitud se caracteriza por la fertilidad de su suelo y recibe las aguas de considerable cantidad de cursos de ríos. La precipitación se acumula fundamentalmente, como en las demás regiones entre octubre a marzo.

Región subtropical o cálida

La comprenden los departamentos San Pedro, Ledesma y Santa Bárbara y parte del Valle Grande. La región denominada Valles Cálidos se caracteriza por ser una zona subtropical y húmeda, que se eleva entre 500 y 1500 m s. n. m., con picos máximos de 3000 m. El encadenamiento más oriental de la región está conformado por las Sierras de Calilegua y Santa Bárbara, llamadas Sierras Subandinas. Al interior de ambos encadenamiento se encuentra el valle de San Francisco que se extiende con dirección norte hasta la provincia de Salta. Es un área fértil, donde la amplitud térmica media anual oscila entre 21°C a 15°C y en enero entre 25°C a 17°C. El relieve de esta región implica escalonamientos térmicos que conllevan pisos de vegetación al capturar el aire húmedo que proviene del Atlántico.

Quebrada de Humahuaca

Se caracteriza por ser un clima seco desértico, el cual tiene predominancia de aridez y escasas lluvias. Las temperaturas máximas a medias suelen oscilar entre 19° C y 23° C a lo largo de los meses del año. La temperatura durante el día suele ser elevada y calida. Durante la noche en periodo seco suelen llegar a los 0 C.

Sierras subandinas

La zona posee un clima seco y frio con vientos que soplan durante todo el año las temperaturas van desde los 15º o hasta 20ºC bajo cero en los meses de junio a octubre desde noviembre hasta el mes de abril la temperatura mínima oscila entre 2 y 5 grados centígrados bajo cero. En esta región están los departamentos de Cochinoca, Yavi, Santa Catalina, Rinconada y Susques.